MEDIPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.MEDIPS

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MEDIPS。

DNA IP-seq数据分析

Bioconductor版本:3.13

MEDIPS开发分析数据来源于甲基化DNA免疫沉淀反应(MeDIP)实验测序(MeDIP-seq)紧随其后。然而,MEDIPS提供功能任何定量测序数据的分析(例如ChIP-seq、MBD-seq CMS-seq和其他人)包括覆盖组间差计算样品和饱和度和相关分析。

作者:卢卡斯查韦斯马提亚Lienhard,艾萨克·洛佩兹Moyado Joern黛德丽

维护人员:卢卡斯查韦斯< lukaschavez ucsd.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MEDIPS”)

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文档

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PDF	R脚本	MEDIPS
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,CopyNumberVariation,报道,CpGIsland,DNAMethylation,DifferentialExpression,遗传学,GenomeAnnotation,微阵列,预处理,质量控制,SequenceMatching,测序,软件,可视化
版本	1.44.0
Bioconductor自	BioC 2.7 (r - 2.12)(11年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.0),BSgenome,Rsamtools
进口	GenomicRanges,Biostrings、图形、gtools,IRanges、方法、统计跑龙套,刨边机,DNAcopy,biomaRt,rtracklayer,preprocessCore
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,MEDIPSData,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MEDIPS_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	MEDIPS_1.44.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	MEDIPS_1.44.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MEDIPS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MEDIPS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MEDIPS/
包下载报告	下载数据