LRcell

DOI:10.18129 / B9.bioc.LRcell

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见LRcell．

用Logistic/线性回归分析差异细胞类型变化

Bioconductor版本:3.13

LRcell的目标是识别特定的亚细胞类型，驱动在批量RNA-seq差异基因表达实验中观察到的变化。为了实现这一点，LRcell利用从单细胞rna测序(scRNA-seq)中获得的细胞标记基因集作为感兴趣的组织中各种细胞类型的指标。接下来，对于每一种细胞类型，使用其标记基因作为指标，我们对具有差异表达p值的完整基因集应用逻辑回归来计算细胞类型显著性p值。最后，将这些p值进行比较，以预测哪一个(s)可能是导致批量RNA-seq实验中观察到的差异基因表达模式的原因。LRcell的灵感来自于Sartor等人开发的LRpath[@sartor2009lrpath]算法，该算法最初设计用于路径/基因集富集分析。LRcell包含三个主要部分:LRcell分析、plot生成和标记基因选择。该包中的所有模块都以r书写。该包还提供了前额叶皮层(pFC)人类大脑区域、人类PBMC和九个小鼠大脑区域(额叶皮层、小脑、苍白球、海马体、背髓内、后皮层、纹状体、黑质和丘脑)的标记基因。

作者:马文静[cre, aut]

维护者:马文静<文静。Ma在emory.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("LRcell")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“LRcell”)

超文本标记语言	R脚本	LRcell装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，回归，测序，SingleCell，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)，ExperimentHub，AnnotationHub
进口	BiocParallel，dplyr，ggplot2，ggrepel，magrittr，统计，效用
链接
建议	LRcellTypeMarkers，BiocStyle，knitr，rmarkdown，roxygen2，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/marvinquiet/LRcell/issues
全靠我
进口我
建议我	LRcellTypeMarkers
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	LRcell_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	LRcell_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	LRcell_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LRcell
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/LRcell
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LRcell/
软件包下载报告	下载数据