萝拉
DOI:10.18129 / B9.bioc.LOLA
此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见萝拉．
位点重叠分析富集基因组范围
Bioconductor版本:3.13
提供与公共和自定义区域集(基因组范围)数据库测试基因组区域集重叠的功能。这使得对基因组区域集进行自动化富集分析成为可能，从而促进了功能基因组学和表观基因组学数据的解释。
作者:Nathan Sheffield
维护者:Nathan Sheffield < Nathan at code.databio.org>
引文(从R内，输入引用(“洛拉”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("LOLA")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“洛拉”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 1.从LOLA开始 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 2.使用LOLA核心 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 3.选择宇宙 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ChIPSeq，FunctionalGenomics，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GenomeAnnotation，MethylSeq，测序，软件，SystemsBiology |
| 版本 | 1.22.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.2 (R-3.2)(6年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 2.10) |
| 进口 | BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，data.table，reshape2， utils，统计，方法 |
| 链接 | |
| 建议 | 平行,testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | simpleCache，qvalue，ggplot2 |
| URL | http://code.databio.org/LOLA |
| BugReports | http://github.com/nsheff/LOLA |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | 可可，位深蓝，MAGAR，米拉，ramr |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | LOLA_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | LOLA_1.22.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | LOLA_1.22.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LOLA |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/LOLA |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/LOLA/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
