KnowSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.KnowSeq

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅KnowSeq。

KnowSeq R / Bioc包:聪明的转录组管道

Bioconductor版本:3.13

KnowSeq提出了一个新颖的方法,包括最相关的基因表达在转录组分析的步骤。KnowSeq预计将作为一个综合工具,允许处理和提取相关的生物标志物,以及通过机器学习的方法来评估他们。KnowSeq的最后一个目标是生物知识提取的生物标志物(清单和可视化基因本体浓缩,途径和相关证据解决疾病)。虽然包允许手动分析所有数据,KnowSeq是可能的主要力量进行自动和智能HTML报告,收集所有相关步骤在一个文档中。highligh非常重要的管道是完全模块化和灵活的,因此它可以从任何一个不同的步骤。KnowSeq有望作为一种新的工具来帮助该领域的专家获得坚实的知识和结论和疾病研究的数据。

作者:丹尼尔Castillo-Secilla (aut (cre),胡安•曼努埃尔•Galvez[所有],旧金山Carrillo-Perez[所有],玛尔塔Verona-Almeida[所有],丹尼尔Redondo-Sanchez[所有],弗朗西斯科•曼努埃尔•Ortuno[所有],路易斯·哈维尔Herrera[所有],伊格纳西奥·罗哈斯(施)

维护人员:丹尼尔Castillo-Secilla <下套管在ugr.es >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“KnowSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“KnowSeq”)

HTML	R脚本	KnowSeq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,BatchEffect,分类,DataImport,DifferentialExpression,FeatureExtraction,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,微阵列,归一化,通路,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.6.3
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0),cqn(> = 1.28.1)
进口	stringr、方法、ggplot2(> = 3.3.0),jsonlite,kernlab,rlist,rmarkdown,reshape2,e1071,randomForest,脱字符号,XML,标明的,R.utils,httr,股东价值分析(> = 3.30.1),刨边机(> = 3.24.3),limma(> = 3.38.3)grDevices、图形数据,跑龙套,Hmisc(> = 4.4.0),gridExtra
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	KnowSeq_1.6.3.tar.gz
Windows二进制	KnowSeq_1.6.3.zip
macOS 10.13(高山脉)	KnowSeq_1.6.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KnowSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ KnowSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/KnowSeq/
包下载报告	下载数据