IsoformSwitchAnalyzeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.IsoformSwitchAnalyzeR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅IsoformSwitchAnalyzeR。

识别、注释和可视化可变剪接和同种型开关功能的后果从短期和读RNA-seq数据。

Bioconductor版本:3.13

分析与预测可变剪接和同种型开关功能的后果(如收益/损失的蛋白质域等)的量化所有类型的工具,如Kallisto RNASeq,鲑鱼,StringTie,袖扣/ Cuffdiff等等。

作者:克里斯汀Vitting-Seerup (cre, aut)

维护人员:克里斯汀Vitting-Seerup < k.vitting。在gmail.com seerup >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“IsoformSwitchAnalyzeR”)

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HTML	R脚本	IsoformSwitchAnalyzeR
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细节

biocViews	AlternativeSplicing,注释,BatchEffect,BiomedicalInformatics,DataImport,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,GeneExpression,GenePrediction,ImmunoOncology,MultipleComparison,RNASeq,软件,StatisticalMethod,SystemsBiology,转录,TranscriptomeVariant,转录组,可视化
版本	1.14.1
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.6),limma,DEXSeq,ggplot2
进口	方法,BSgenome,plyr,reshape2,gridExtra,Biostrings(> = 2.50.0),IRanges,GenomicRanges,DRIMSeq,RColorBrewer,rtracklayer,维恩图,DBIgrDevices图形,统计,跑龙套,GenomeInfoDb、网格tximport(> = 1.7.1上),tximeta(> = 1.7.12),刨边机,futile.logger,stringr,dplyr,magrittr,readr,宠物猫,XVector,BiocGenerics,RCurl,Biobase
链接
建议	knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/IsoformSwitchAnalyzeR/
BugReports	https://github.com/kvittingseerup/IsoformSwitchAnalyzeR/issues
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包档案

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源包	IsoformSwitchAnalyzeR_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	IsoformSwitchAnalyzeR_1.14.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	IsoformSwitchAnalyzeR_1.14.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IsoformSwitchAnalyzeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ IsoformSwitchAnalyzeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IsoformSwitchAnalyzeR/
包下载报告	下载数据