InteractionSet

DOI:10.18129 / B9.bioc.InteractionSet

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见InteractionSet．

用于存储基因组相互作用数据的基类

Bioconductor版本:3.13

提供GInteractions、InteractionSet和ContactMatrix对象和相关方法，用于存储和操作来自Hi-C和ChIA-PET实验的基因组相互作用数据。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Malcolm Perry [aut]， Elizabeth Ing-Simmons [aut]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("InteractionSet")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“InteractionSet”)

超文本标记语言	R脚本	基因组相互作用类
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，嗝，基础设施，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	GenomicRanges，SummarizedExperiment
进口	方法,矩阵，Rcpp，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges，GenomeInfoDb
链接	Rcpp
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我	diffHic，GenomicInteractions，MACPET，sevenC
进口我	CAGEfightR，ChIPpeakAnno，HiCcompare，HiCDCPlus，trackViewer
建议我	CAGEWorkflow
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	InteractionSet_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	InteractionSet_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	InteractionSet_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InteractionSet
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/InteractionSet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InteractionSet/
软件包下载报告	下载数据