InterMineR

DOI:10.18129 / B9.bioc.InterMineR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InterMineR

R与InterMine-Powered数据库接口

Bioconductor版本:3.13

数据库基于InterMine平台如FlyMine modMine (modENCODE) RatMine, YeastMine, HumanMine和TargetMine集成数据库的基因,表达和蛋白质为各种生物数据。集成数据可以运行复杂的数据挖掘查询跨域的生物知识。这个R包提供了与这些数据库通过web服务接口。它使大多数的通信数据帧对象在R和表对象数据库,而隐藏的细节通过XML或JSON数据交换。

作者:宾王,瑞秋•莱恩,朱莉·沙利文Konstantinos Kyritsis,西莉亚桑切斯

维护人员:InterMine团队< r。•莱恩在gen.cam.ac.uk >

从内部引用(R,回车引用(“InterMineR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InterMineR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“InterMineR”)

HTML R脚本 InterMineR装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews AlternativeSplicing,ComparativeGenomics,DifferentialExpression,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GenomeAnnotation,GenomeWideAssociation,KEGG,微阵列,MultipleComparison,通路,蛋白质组学,Reactome,单核苷酸多态性,软件,SystemsBiology,可视化
版本 1.14.1
Bioconductor自 BioC 3.6 (r - 3.4)(4年)
许可证 LGPL
取决于 R (> = 3.4.1)
进口 Biostrings,RCurl,XML,xml2,RJSONIO,sqldf,igraph,httr,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment、方法
链接
建议 BiocStyle,Gviz,knitr,rmarkdown,GeneAnswers,GO.db,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/intermine/intermineR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 InterMineR_1.14.1.tar.gz
Windows二进制 InterMineR_1.14.1.zip
macOS 10.13(高山脉) InterMineR_1.14.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InterMineR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InterMineR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/InterMineR/
包下载报告 下载数据

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