InterCellar

DOI:10.18129 / B9.bioc.InterCellar

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InterCellar。

InterCellar: R-Shiny应用交互分析和探索在单细胞转录组信息交流

Bioconductor版本:3.13

InterCellar被实现为一个R / Bioconductor包包含一个闪亮的应用程序,允许用户从scRNA-seq数据交互地分析信息交流。从预算中的交互,InterCellar提供过滤选项,注释和多个可视化探讨集群,基因和功能。最后,用户可以定义interaction-pairs模块并链接到重要的功能从通路或基因本体。

作者:玛尔塔Interlandi (cre, aut)

维护人员:玛尔塔Interlandi < marta.interlandi01 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InterCellar”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“InterCellar”)

HTML	R脚本	InterCellar用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	去,SingleCell,软件,转录组,可视化
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	配置,傀儡,闪亮的,DT,shinydashboard,shinyFiles,shinycssloaders,data.table,fs,dplyr,tidyr,circlize,colourpicker,dendextend,factoextra,ggplot2,情节,plyr,shinyFeedback,shinyalert,宠物猫,umap,visNetwork,wordcloud2,readxl,htmlwidgets,色彩,信号,尺度,htmltools,ComplexHeatmapgrDevices、统计工具,跑龙套,biomaRt,rlang,fmsb
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),knitr,rmarkdown,胶水,石墨,processx,尝试,BiocStyle,igraph
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/martaint/InterCellar
BugReports	https://github.com/martaint/InterCellar/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	InterCellar_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	InterCellar_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	InterCellar_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InterCellar
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InterCellar
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InterCellar/
包下载报告	下载数据