IgGeneUsage

DOI:10.18129 / B9.bioc.IgGeneUsage

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见IgGeneUsage

不同基因在免疫系统中的应用

Bioconductor版本:3.13

解码免疫组的特性是理解适应性免疫对病毒感染等挑战的反应的关键。免疫谱分析的一个重要任务是检测不同生物条件下Ig基因使用的偏差。IgGeneUsage是一种用于分析免疫组差异基因使用的计算工具。它采用贝叶斯层次模型来拟合来自免疫库测序实验的复杂基因使用数据,并将Ig基因使用偏差量化为概率。

作者:Simo Kitanovski [aut, cre]

维护者:Simo Kitanovski < Simo。基塔诺夫斯基在uni-due.de>

引文(从R内,输入引用(“IgGeneUsage”)):

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("IgGeneUsage")

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文档

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browseVignettes(“IgGeneUsage”)

超文本标记语言 R脚本 用户手册:IgGeneUsage
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 贝叶斯DifferentialExpression遗传学回归软件
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(2年)
许可证 文件许可证
取决于 , R (>= 3.6.0),Rcpp(> = 0.12.0),SummarizedExperimentStanHeaders(> 2.18.1)
进口 rstan(> = 2.19.2),reshape2(> = 3)
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthat(> =魅惑,ggplot2ggforcegridExtraggrepel
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/snaketron/IgGeneUsage/issues
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包档案

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源包 IgGeneUsage_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra) IgGeneUsage_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IgGeneUsage
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IgGeneUsage
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/IgGeneUsage/
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