ISAnalytics

DOI:10.18129 / B9.bioc.ISAnalytics

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见ISAnalytics

分析基因治疗载体插入位点数据,从基因组学下一代测序读取克隆跟踪研究

Bioconductor版本:3.13

在基因治疗中,干细胞使用病毒载体进行修饰,以传递治疗性转基因并替换功能特性,因为基因修饰是稳定的,并在所有细胞子代中遗传。病毒-宿主DNA连接两侧序列的检索和映射允许识别插入位点(IS),这对于监测体内转基因细胞的进化至关重要。需要一个全面的IS分析工具包来促进克隆跟踪研究,并支持体内安全性和长期疗效的评估。该软件包旨在(1)支持is工作流程的自动化,(2)执行is跟踪的基础和高级分析(克隆丰度,克隆扩增和插入突变的统计等),(3)提供体内转导干细胞的基本生物学见解。

作者:Andrea Calabria [aut, cre], Giulio Spinozzi [aut], Giulia Pais [aut]

维护者:Andrea Calabria < Calabria。Andrea在hsr.it>

引文(从R内,输入引用(“ISAnalytics”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ISAnalytics")

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文档

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browseVignettes(“ISAnalytics”)

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细节

biocViews BiomedicalInformatics测序SingleCell软件
版本 1.2.1 "
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(1年)
许可证 Cc乘4.0
取决于 R (>= 4.1),magrittr
进口 跑龙套,reactablehtmltoolsdplyrreadrtidyrpurrrrlang宠物猫BiocParallelstringrfs邮政编码lubridate生命周期ggplot2ggrepel统计数据,upsetjs心理grDevices,data.tablereadxl、工具、Rcapture情节
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URL https://calabrialab.github.io/ISAnalyticshttps://github.com//calabrialab/isanalytics
BugReports https://github.com/calabrialab/ISAnalytics/issues
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源包 ISAnalytics_1.2.1.tar.gz
Windows二进制 ISAnalytics_1.2.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) ISAnalytics_1.2.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ISAnalytics
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ISAnalytics
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ISAnalytics/
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