电离
DOI:10.18129 / B9.bioc.IONiseR
这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅电离。
牛津纳米孔的奴才数据质量评估工具
Bioconductor版本:3.13
电离为牛津纳米孔的质量评估提供了工具的奴才数据。它从一组fast5文件提取摘要统计信息并可以使用之前或之后调用。除了标准的总结read-types产生,它提供了一个想象的土地数量指标相对于实验运行时间或空间flowcell表面。
作者:迈克·史密斯(aut (cre)
维护人员:迈克史密斯< grimbough gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“电离”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“电离”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“电离”)
| HTML | R脚本 | 纳米孔数据质量评估工具 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DataImport,质量控制,测序,软件 |
| 版本 | 2.16.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.2 (r - 3.2)(6年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 3.4) |
| 进口 | rhdf5,dplyr,magrittr,tidyr,ShortRead,Biostrings,ggplot2、方法、BiocGenerics,XVector,宠物猫统计数据,BiocParallel,bit64,stringr,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,gridExtra,testthat,minionSummaryData |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | IONiseR_2.16.0.tar.gz |
| Windows二进制 | IONiseR_2.16.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | IONiseR_2.16.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IONiseR |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/电离 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/IONiseR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
