此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见Glimma.
Bioconductor版本:3.13
该软件包使用HTML页面中的limma, edgeR或DESeq2包的输出生成rna测序数据的交互式可视化分析。交互构建在分析结果的流行静态表示之上,以便提供额外的信息。
作者:Shian Su [aut, cre], Hasaru Kariyawasam [aut], Oliver Voogd [aut], Matthew Ritchie [aut], Charity Law [aut], Stuart Lee [ctb], Isaac Virshup [ctb]
维护者:Shian Su < Su。S at wehi.edu.au>
引文(从R内,输入引用(“Glimma”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Glimma")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“Glimma”)
超文本标记语言 | R脚本 | DESeq2 |
超文本标记语言 | R脚本 | limma |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,微阵列,RNASeq,ReportWriting,测序,软件,可视化 |
版本 | 2.2.0 |
在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(5.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 4.0.0) |
进口 | htmlwidgets,刨边机,DESeq2,limma,SummarizedExperiment统计数据,jsonlite、方法、S4Vectors |
链接 | |
建议 | testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,IRanges,GenomicRanges,pryr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2 |
BugReports | https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2/issues |
全靠我 | RNAseq123 |
进口我 | affycoretools,EGSEA |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | Glimma_2.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | Glimma_2.2.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | Glimma_2.2.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Glimma |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Glimma |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Glimma/ |
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