GenomicSuperSignature

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicSuperSignature

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicSuperSignature．

通过与公共数据库进行稳健、高效的比较来解释RNA-seq实验

Bioconductor版本:3.13

该包包含索引，这是从公共RNA测序数据集中通过聚类和平均顶级pc提取的可复制和可解释的变异轴(RAV)。这个索引被命名为RAVindex，并进一步使用MeSH术语和GSEA进行注释。在这个包中实现了将新数据集的pc连接到RAVs，提取可解释的注释，并提供直观的可视化的功能。总的来说，这个包使研究人员能够用最少的计算资源在现有数据库的上下文中分析新数据。

作者:Sehyun Oh [aut, cre]， Levi Waldron [aut]， Sean Davis [aut]

维护者:Sehyun Oh

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install(" genome supersignature ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicSuperSignature”)

超文本标记语言	R脚本	RAVmodel简介
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类，通路，PrincipalComponent，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.0.1
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)，SummarizedExperiment
进口	ComplexHeatmap，ggplot2、方法、S4Vectors，Biobase，ggpubr，dplyr，情节，BiocFileCache、网格flextable
链接
建议	knitr，rmarkdown，devtools，roxygen2，pkgdown，usethis，BiocStyle，testthat，forcats统计数据,wordcloud，circlize，EnrichmentBrowser，clusterProfiler，msigdbr，集群，RColorBrewer，reshape2，宠物猫，BiocManager，bcellViper，readr,跑龙套
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/shbrief/GenomicSuperSignature
BugReports	https://github.com/shbrief/GenomicSuperSignature/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicSuperSignature_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	GenomicSuperSignature_1.0.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomicSuperSignature_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicSuperSignature
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicSuperSignature
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicSuperSignature/
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