GenomicScores

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicScores

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见GenomicScores

用于全基因组位置特定评分的基础设施

Bioconductor版本:3.13

在R和Bioconductor中提供存储和访问全基因组位置特定分数的基础设施。

作者:Robert Castelo [aut, cre], Pau Puigdevall [ctb], Pablo Rodríguez [ctb]

维护者:Robert Castelo < Robert。Castelo在upf.edu>

引文(从R内,输入引用(“GenomicScores”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("基因组分数")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicScores”)

超文本标记语言 R脚本 基因组分数包的介绍
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释AnnotationHubSoftware报道遗传学基础设施测序软件
版本 测试盒框
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5),S4Vectors(> = 0.7.21),GenomicRanges、方法、BiocGenerics(> = 0.13.8)
进口 属性,跑龙套,XMLBiobaseBiocManagerBiocFileCacheIRanges(> = 2.3.23),BiostringsGenomeInfoDbAnnotationHubrhdf5DelayedArrayHDF5Array
链接
建议 RUnitBiocStyleknitrrmarkdownBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19phastCons100way.UCSC.hg19MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37VariantAnnotationTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGenegwascatRColorBrewer闪亮的shinyjsshinycustomloaderdata.tableDTmagrittrshinydashboard
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/rcastelo/GenomicScores
BugReports https://github.com/rcastelo/GenomicScores/issues
全靠我 fitCons.UCSC.hg19MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5MafDb.gnomAD.r3.0.GRCh38MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5MafDb.TOPMed.freeze5.hg19MafDb.TOPMed.freeze5.hg38MafH5.gnomAD.r3.0.GRCh38MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38phastCons100way.UCSC.hg19phastCons100way.UCSC.hg38phastCons30way.UCSC.hg38phastCons7way.UCSC.hg38
进口我 appreci8RATACseqQCprimirTSSRareVariantVisVariantFiltering
建议我 methrix
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GenomicScores_2.4.0.tar.gz
Windows二进制 GenomicScores_2.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) GenomicScores_2.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicScores
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicScores
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicScores/
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