这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicInteractions。
Bioconductor版本:3.13
公用事业等处理基因交互数据ChIA-PET或高c,基因组功能注释和交互信息,生产计划和总结统计。
作者:Harmston N。Ing-Simmons E。佩里,M。,Baresic, A., Lenhard, B.
维修工:利兹Ing-Simmons <利兹。在gmail.com ingsimmons >
从内部引用(R,回车引用(“GenomicInteractions”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicInteractions”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GenomicInteractions”)
HTML | R脚本 | chiapet_vignette.html |
HTML | R脚本 | GenomicInteractions-HiC |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,DataRepresentation,嗝,基础设施,软件 |
版本 | 1.26.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.0 (r - 3.1)(7年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 3.5),InteractionSet |
进口 | Rsamtools,rtracklayer,GenomicRanges(> = 1.29.6),IRanges,BiocGenerics(> = 0.15.3),data.table,stringr,GenomeInfoDb,ggplot2、网格gridExtra、方法、igraph,S4Vectors(> = 0.13.13),dplyr,Gviz,Biobase、图表、数据、grDevices跑龙套 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/ComputationalRegulatoryGenomicsICL/GenomicInteractions/ |
取决于我 | |
进口我 | CAGEfightR,HiCDCPlus |
建议我 | 芝加哥,埃尔默,sevenC |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | GenomicInteractions_1.26.0.tar.gz |
Windows二进制 | GenomicInteractions_1.26.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | GenomicInteractions_1.26.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractions |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicInteractions |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicInteractions/ |
包下载报告 | 下载数据 |