GenomicAlignments

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicAlignments

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见GenomicAlignments

短基因组排列的表示和操作

Bioconductor版本:3.13

提供高效的容器,用于存储和操作短基因组序列(通常通过将短读序列对准参考基因组来获得)。这包括读取计数、计算覆盖范围、结检测和处理比对的核苷酸含量。

作者:Hervé Pagès,瓦莱丽·奥本chain,马丁·摩根

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“GenomicAlignments”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicAlignments”)

PDF R脚本 基因组比对包简介
PDF R脚本 使用summarizeOverlaps计数读取
PDF R脚本 重叠编码
PDF R脚本 研究排列的核苷酸
PDF 参考手册
文本 新闻
视频 从BAM文件读取-第1部分
视频 从BAM文件读取-第2部分

细节

biocViews 对齐报道DataImport遗传学ImmunoOncology基础设施RNASeq单核苷酸多态性测序软件
版本 1.28.0
在Bioconductor BioC 2.14 (R-3.1)(7.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 4.0.0),方法,BiocGenerics(> = 0.37.0),S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb(> = 1.13.1),GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.9.13),Biostrings(> = 2.55.7),Rsamtools(> = 1.31.2)
进口 方法,utils,统计,BiocGenericsS4VectorsIRangesGenomicRangesBiostringsRsamtoolsBiocParallel
链接 S4VectorsIRanges
建议 ShortReadrtracklayerBSgenomeGenomicFeaturesRNAseqData.HNRNPC.bam.chr14pasillaBamSubsetTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGeneBSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19DESeq2刨边机RUnitBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicAlignments
BugReports https://github.com/Bioconductor/GenomicAlignments/issues
全靠我 AllelicImbalancealpineDataBasic4CseqBasicSTARRseqChIPexoQualgroHMMHelloRangeshiReadsProcessorigvRORFikprebs收回RiboDiPArnaSeqMapSCATEData测序ShortReadSplicingGraphs
进口我 高山AneuFinderAPAlyzerASpediaFIASpliATACseqQCBaalChIPbambubiovizBasebreakpointRBRGenomicsCAGEfightR篮球选手chimeravizChIPpeakAnnoChIPQCchromstaRcnconsensusDEcontiBAIT文案CoverageViewCrispRVariantsCSSQcustomProDBDAMEfinderDegNormderfinderDEScan2DiffBindeasyRNASeqexomePeak2弗雷泽FunChIPgcapcGenoGAMgenomationGenomicFilesggbiogmapRgmovizGreyListChIPGUIDEseqGvizHTSeqGenieiceteaima检查感兴趣leeBamViewsMACPETMADSEQ联合化疗metagenemetagene2metaseqR2methylPipe马赛克msgbsRNADfinder图片plyranges婴儿车高伦雅芙ramwasRcadeRepitoolsRiboProfilingribosomeProfilingQCRNAmodRRNAprobR咆哮RqcrtracklayerSCATE颈背seqplotsseqsetvisSGSeqsoGGiSplicingGraphs分裂srnadiffstrandCheckRTAPseqTarSeqQCTCseqtrackViewertranscriptRTSRchitectUlarcircUMI4CatsVaSPVplotR
建议我 alpineDataamplicanBiocParallelcsawGenomeInfoDbGenomicDataCommonsGenomicFeaturesGenomicRangesIRangesNanoporeRNASeqparathyroidSEQuasRRNAseqData.HNRNPC.bam.chr14RsamtoolssimilaRpeak彩带systemPipeR
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GenomicAlignments_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 GenomicAlignments_1.28.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) GenomicAlignments_1.28.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicAlignments
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicAlignments
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicAlignments/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网