GeneTonic

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneTonic

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见GeneTonic．

喜欢分析和整合微分表达式分析和功能丰富分析的结果

Bioconductor版本:3.13

这个包提供了一个闪亮的应用程序，目的是在不同的层次上结合现有的转录组数据和结果，以一种更容易产生有洞察力的观察和假设的方式——结合交互性和可重复性的好处，例如通过捕获在现场会议中突出显示的特征和基因集，并创建一个HTML报告作为文本、代码和输出共存的工件。

作者:Federico Marini [aut, cre]，安妮凯瑟琳·勒特[au]

维护者:Federico Marini

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GeneTonic")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GeneTonic”)

超文本标记语言	R脚本	GeneTonic用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，DifferentialExpression，去，GUI，GeneExpression，GeneSetEnrichment，通路，ReportWriting，软件，转录，转录组，可视化
版本	1.4.1
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	AnnotationDbi，骨干，bs4Dash(> = 2.0.0),circlize，色彩，colourpicker，ComplexHeatmap，dendextend，DESeq2，dplyr，DT，dynamicTreeCut，expm，ggforce，ggplot2，ggrepel，GO.db，图形，grDevices，网格，igraph，matrixStats、方法、情节，RColorBrewer，rintrojs，rlang，rmarkdown，S4Vectors，尺度，闪亮的，shinycssloaders，shinyWidgets统计数据,SummarizedExperiment，tidyr，工具，utils，冬青，visNetwork
链接
建议	knitr，BiocStyle，htmltools，clusterProfiler，巨噬细胞，org.Hs.eg.db，magrittr，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/federicomarini/GeneTonic
BugReports	https://github.com/federicomarini/GeneTonic/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GeneTonic_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	GeneTonic_1.4.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	GeneTonic_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneTonic
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GeneTonic
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneTonic/
软件包下载报告	下载数据