GUIDEseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.GUIDEseq

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GUIDEseq。

GUIDE-seq分析管道

Bioconductor版本:3.13

包实现GUIDE-seq分析工作流包括函数获取独特的插入网站(解理网站的代理),估算的位置插入站点,即,山峰,合并估计插入网站+和-链,并执行目标搜索周围的扩展区域插入网站。

作者:丽华朱莉·朱迈克尔•劳伦斯。古普塔,Herve页,高山Kucukural,曼努埃尔·加伯,苏格兰人沃尔夫

维护人员:丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GUIDEseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GUIDEseq”)

PDF	R脚本	GUIDEseq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR,GeneRegulation,ImmunoOncology,测序,软件,WorkflowStep
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.2.0),GenomicRanges,BiocGenerics
进口	BiocParallel,Biostrings,CRISPRseek,ChIPpeakAnno,data.table,matrixStats,BSgenome平行,IRanges(> = 2.5.5),S4Vectors(> = 0.9.6),GenomicAlignments(> = 1.7.3),GenomeInfoDb,Rsamtools,哈希,limma,dplyr
链接
建议	knitr,RUnit,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	crisprseekplus
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GUIDEseq_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	GUIDEseq_1.22.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GUIDEseq_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GUIDEseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GUIDEseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GUIDEseq/
包下载报告	下载数据