GOexpress

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOexpress

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GOexpress。

想象微阵列和RNAseq数据使用基因本体论注释

Bioconductor版本:3.13

包包含方法的可视化表达谱基因芯片或RNA-seq实验,并提供了一个监督聚类的方法来识别包含基因表达水平,最好的两个或两个以上的预定义组样本进行分类。注释中的基因表达数据集可以获得从运用到biomaRt包,如果不是由用户提供。默认的随机森林框架是用来评估每个基因聚类样本的容量根据感兴趣的因素。最后,去条款是由平均得分排名(或者,分数)各自的基因集,集群的样品。假定值可以计算评估的意义词的排名。可视化功能包括基因表达谱、基因基于本体的热图,分层使用基因表达数据聚类的实验样品。

作者:凯文Rue-Albrecht (aut (cre) Tharvesh马丁·阿里(施),Paul a . McGettigan[所有],贝琳达埃尔南德斯(施),大卫·a·麦基(施),尼古拉斯·c·Nalpas[所有],安德鲁·帕内尔(施)David e . MacHugh Stephen诉戈登(黑色)(黑色)

维护人员:凯文Rue-Albrecht < kevinrue67 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GOexpress”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GOexpress”)

PDF	R脚本	UsersGuide
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,聚类,DataRepresentation,DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,MultipleComparison,通路,RNASeq,测序,软件,TimeCourse,转录,可视化
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(7年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R(> = 3.4)、网格数据,图形,Biobase(> = 2.22.0)
进口	biomaRt(> = 2.18.0),stringr(> = 0.6.2),ggplot2(> = 0.9.0),RColorBrewer(> = 1.0),gplots(> = 2.13.0),randomForest(> = 4.6),RCurl(> = 1.95)
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinrue/GOexpress
取决于我
进口我
建议我	InteractiveComplexHeatmap
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GOexpress_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	GOexpress_1.26.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GOexpress_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOexpress
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GOexpress
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GOexpress/
包下载报告	下载数据