GEOquery

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOquery

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GEOquery。

从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据

Bioconductor版本:3.13

NCBI基因表达综合(GEO)是一个公共存储库的微阵列数据。鉴于该资源丰富多变的本性,它只是自然要BioConductor工具应用到这些数据。GEOquery是地理和BioConductor之间的桥梁。

作者:肖恩·戴维斯在mail.nih.gov > < sdavis2

维护人员:肖恩·戴维斯在mail.nih.gov > < sdavis2

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GEOquery”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GEOquery”)

HTML	R脚本	使用GEOquery
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,微阵列,OneChannel,圣人,软件,TwoChannel
版本	2.60.0
Bioconductor自	BioC 1.8 (r - 2.3)(15.5年)
许可证	GPL-2
取决于	方法,Biobase
进口	httr,readr(> = 1.3.1),xml2,dplyr,tidyr,magrittr,limma
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocGenerics,testthat,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/seandavi/GEOquery
BugReports	https://github.com/seandavi/GEOquery/issues/new
取决于我	DrugVsDisease,dyebiasexamples,GEOmetadb,GSE13015,GSE62944,SCAN.UPC
进口我	BeadArrayUseCases,bigmelon,ChIPXpress,coexnet,conclus,crossmeta,DExMA,天哪,GAPGOM,GSE13015,MACPET,minfi,MoonlightR,phantasus,重新计票,SRAdb
建议我	气道,antiProfilesData,AUCell,自治,ctsGE,dearseq,debCAM,diffcoexp,dyebias,肘,EpiDISH,fgsea,GCSscore,GeneExpressionSignature,GenomicOZone,multiClust,MultiDataSet,muscData,omicsPrint,parathyroidSE,PCAtools,prostateCancerCamcap,prostateCancerGrasso,prostateCancerStockholm,prostateCancerTaylor,prostateCancerVarambally,quantiseqr,RegEnrich,RegParallel,RGSEA,Rnits,runibic,skewr,spatialHeatmap,TargetScore,zFPKM
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GEOquery_2.60.0.tar.gz
Windows二进制	GEOquery_2.60.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GEOquery_2.60.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOquery
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GEOquery
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GEOquery/
包下载报告	下载数据