《创世纪》

DOI:10.18129 / B9.bioc.GENESIS

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅《创世纪》。

基因估计和推断结构样品(创世纪):统计方法分析基因的数据样本与人口结构和/或亲缘

Bioconductor版本:3.13

《创世纪》包提供了估算方法,推断,占人口和谱系结构在基因分析。当前的实现提供了函数执行pc航空(Conomos et al ., 2015,创Epi)和PC-Relate (AJHG Conomos et al ., 2016)。pc航空执行全基因组SNP检测数据主成分分析人口结构的样本可能包含已知的或神秘的亲缘。与标准主成分分析,pc航空占示例提供准确血统亲缘推理不羞愧的家庭结构。PC-Relate使用祖先代表主成分调整人口结构/祖先和准确估计最近的遗传相似度指标等亲属关系系数,IBD共享概率和近亲繁殖系数。此外,函数执行提供有效方差分量估计和协会测试混合模型定量和二进制表型。

作者:马修·p·Conomos斯蒂芬妮·m·Gogarten丽莎·布朗,汉族,托马斯•Lumley Kenneth大米、玛开发,艾德丽安Stilp, Chaoyu蒂莫西•桑顿

维护人员:斯蒂芬妮·m·Gogarten < sdmorris uw.edu >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“创世纪”)

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HTML	R脚本	遗传协会测试使用《创世纪》的包
HTML	R脚本	人口结构和亲缘推理使用《创世纪》的包
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细节

biocViews	BiocViews,DimensionReduction,GeneticVariability,遗传学,GenomeWideAssociation,PrincipalComponent,质量控制,单核苷酸多态性,软件,StatisticalMethod
版本	2.22.2
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Biobase,BiocGenerics,GWASTools,gdsfmt,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,SeqArray,SeqVarTools,SNPRelate,data.table,foreach、图形、grDevicesigraph,矩阵、方法、reshape2统计,跑龙套
链接
建议	CompQuadForm,COMPoissonReg,poibin,接二连三,调查,testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,GWASdata,dplyr,ggplot2,GGally,RColorBrewer,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/UW-GAC/GENESIS
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源包	GENESIS_2.22.2.tar.gz
Windows二进制	GENESIS_2.22.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	GENESIS_2.22.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GENESIS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/《创世纪》
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GENESIS/
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