GDCRNATools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GDCRNATools

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见GDCRNATools

GDCRNATools:用于GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据综合分析的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:3.13

这是一个易于使用的软件包,用于下载、组织和整合分析GDC中的RNA表达数据,重点是破译癌症中lncRNA-mRNA相关的ceRNA调控网络。该包中包含三个lncRNA-miRNA相互作用数据库(sponescan、starBase、miRcode)和三个mRNA-miRNA相互作用数据库(miRTarBase、starBase、miRcode)用于ceRNAs网络构建。limma、edgeR和DESeq2可用于鉴别差异表达基因/miRNAs。基于clusterProfiler和DO包,可以执行包括GO、KEGG和DO在内的功能丰富分析。多基因的单变量CoxPH和KM生存分析都可以在包中实现。除了一些常规的可视化功能,如火山图、条形图和KM图,还开发了一些简单的闪亮应用程序,以促进在本地网页上的结果可视化。

作者:李瑞东,曲涵,王世波,魏巨龙,张乐,马仁元,卢建明,朱建国,钟伟德,贾振宇

维护人员:李瑞东,曲晗

引文(从R内,输入引用(“GDCRNATools”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GDCRNATools")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGeneRegulationGeneSetEnrichmentGeneTargetImmunoOncologyKEGG网络NetworkEnrichmentNetworkInferenceRNASeq软件生存可视化
版本 1.13.1
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(3.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 闪亮的jsonliterjsonXMLlimma刨边机DESeq2clusterProfiler剂量org.Hs.eg.dbbiomaRt生存survminerpathviewggplot2gplotsDTGenomicDataCommonsBiocParallel
链接
建议 knitrtestthatrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GDCRNATools_1.13.1.tar.gz
Windows二进制 GDCRNATools_1.13.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) GDCRNATools_1.13.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GDCRNATools
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GDCRNATools
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GDCRNATools/
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