GAPGOM

DOI:10.18129 / B9.bioc.GAPGOM

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见GAPGOM．

GAPGOM(新的基因注释预测和其他GO指标)

Bioconductor版本:3.13

lncRNA注释预测的各种测量方法和工具的集合，放在可重新分发的R包中。该软件包包含两个主要算法;lncRNA2GOA和TopoICSim。lncRNA2GOA试图通过对相关表达数据使用各种相关/几何评分方法来注释新基因(在这个特定情况下是lncRNAs)。关联/评分后，对结果进行注解和丰富。TopoICSim是一种基于拓扑的方法，通过信息含量(IC)比较GO术语之间基于GO DAG拓扑的基因相似性。

作者:Rezvan Ehsani [aut, cre]， Casper van Mourik [aut]， Finn Drabløs [aut]

维护者:Rezvan Ehsani

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GAPGOM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GAPGOM”)

超文本标记语言	R脚本	GAPGOM简介
超文本标记语言	R脚本	基准测试和其他GO相似方法
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	去，GeneExpression，GenePrediction，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	统计，效用，方法，矩阵，fastmatch，plyr，dplyr，magrittr，data.table，igraph，图，RBGL，GO.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，GOSemSim，GEOquery，AnnotationDbi，Biobase，BiocFileCache，matrixStats
链接
建议	org.Dm.eg.db，org.Rn.eg.db，org.Sc.sgd.db，org.Dr.eg.db，org.Ce.eg.db，org.At.tair.db，org.EcK12.eg.db，org.Bt.eg.db，org.Cf.eg.db，org.Ag.eg.db，org.EcSakai.eg.db，org.Gg.eg.db，org.Pt.eg.db，org.Pf.plasmo.db，org.Mmu.eg.db，org.Ss.eg.db，org.Xl.eg.db，testthat，pryr，knitr，rmarkdown，prettydoc，ggplot2，kableExtra，profvis，reshape2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Berghopper/GAPGOM/
BugReports	https://github.com/Berghopper/GAPGOM/issues/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GAPGOM_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	GAPGOM_1.8.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	GAPGOM_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GAPGOM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GAPGOM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GAPGOM/
软件包下载报告	下载数据