FlowSOM

DOI:10.18129 / B9.bioc.FlowSOM

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FlowSOM。

使用自组织映射为可视化和血细胞计数数据的解释

Bioconductor版本:3.13

FlowSOM提供了可视化选项对于血细胞计数数据,利用自组织映射聚类和最小生成树。

作者:苏菲Van Gassen (aut (cre) Artuur Couckuyt (aut) Katrien Quintelier (aut) Annelies Emmaneel (aut),布瑞特Callebaut (aut) Yvan Saeys (aut)

维修工:苏菲Van Gassen <苏菲。在ugent.be vangassen >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FlowSOM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“FlowSOM”)

PDF	R脚本	FlowSOM
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays,CellBiology,聚类,FlowCytometry,软件,可视化
版本	2.0.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0),igraph
进口	属性,跑龙套,BiocGenerics,colorRamps,ConsensusClusterPlus,CytoML,dplyr,flowCore,flowWorkspace,ggforce,ggnewscale,ggplot2,ggpointdensity,ggpubr,ggrepelgrDevices,magrittr、方法、pheatmap,RColorBrewer,rlang,Rtsne,tidyr,XML,scattermore
链接
建议	BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.orghttp://dambi.ugent.be
取决于我
进口我	催化剂,cytofast,CytoTree,diffcyt,MetaCyto
建议我	HDCytoData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	FlowSOM_2.0.0.tar.gz
Windows二进制	FlowSOM_2.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	FlowSOM_2.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FlowSOM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FlowSOM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FlowSOM/
包下载报告	下载数据