FilterFFPE

DOI:10.18129 / B9.bioc.FilterFFPE

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FilterFFPE。

FFPE人工嵌合读为门店数据过滤

Bioconductor版本:3.13

这个包发现和过滤器人工嵌合读取特别是下一代测序(上天)过程中产生的formalin-fixed石蜡包埋组织(FFPE)。这些人造嵌合读取会导致大量的假阳性结构变化(SV)调用。所需输入的一个索引文件的BAM FFPE样本。

作者:拉妮魏(aut (cre)

维护人员:拉妮魏<拉妮。魏在uni-muenster.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FilterFFPE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“FilterFFPE”)

PDF	R脚本	介绍FilterFFPE
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,预处理,质量控制,测序,软件,StructuralVariation
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	LGPL-3
取决于
进口	foreach,doParallel,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools平行,S4Vectors
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	FilterFFPE_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	FilterFFPE_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	FilterFFPE_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FilterFFPE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FilterFFPE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FilterFFPE/
包下载报告	下载数据