这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅盛宴。
Bioconductor版本:3.13
细胞集群是最重要之一,通常执行的任务在单细胞RNA序列(scRNA-seq)数据分析。细胞集群的重要一步是选择一个子集的基因(被称为“特性”),其表达模式将被用于下游集群。一组良好的功能应该包括那些区分不同的细胞类型,和质量这样的设置可以对聚类精度产生重大影响。宴会是一个R库选择最有代表性之前执行scRNA-seq集群的核心特性。它可以用作一个插件首先聚类算法,如SC3 TSCAN,夏普,SIMLR,修。宴会的核心算法包括三个步骤:1。共识聚类;2。能够意义推理;3所示。 validation of an optimized feature set.
作者:许克农Su (aut (cre),吴皓(aut)
维护人员:许克农苏<平锣。苏:emory.edu >
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):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“盛宴”)
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browseVignettes(“盛宴”)
HTML | R脚本 | 宴会的用户指南 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 聚类,FeatureExtraction,测序,SingleCell,软件 |
版本 | 1.0.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = 4.1),mclust,BiocParallel,SummarizedExperiment |
进口 | SingleCellExperiment、方法、统计跑龙套,irlba,TSCAN,SC3,matrixStats |
链接 | |
建议 | rmarkdown,修拉,ggpubr,knitr,testthat(> = 3.0.0),BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/suke18/FEAST/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | FEAST_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | FEAST_1.0.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | FEAST_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FEAST |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/盛宴 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FEAST/ |
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