ExpressionAtlas

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExpressionAtlas

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见ExpressionAtlas．

从EMBL-EBI Expression Atlas下载数据集

Bioconductor版本:3.13

此包用于搜索EMBL-EBI Expression Atlas中的数据集，并将其下载到R中进行进一步分析。每个Expression Atlas数据集都表示为每个平台有一个元素的SimpleList对象。测序数据包含在summarizeexperiment对象中，而微阵列数据包含在ExpressionSet或MAList对象中。

作者:Maria Keays

维护者:Suhaib Mohammed < Suhaib at ebi.ac.uk>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ExpressionAtlas")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ExpressionAtlas”)

超文本标记语言	R脚本	ExpressionAtlas
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ArrayExpress，ExperimentData，ExpressionData，MicroarrayData，SequencingData，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R(>= 3.2.0)，方法，Biobase，SummarizedExperiment，limma，S4Vectors，xml2
进口	跑龙套,XML，httr
链接
建议	knitr，testthat，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	spatialHeatmap
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ExpressionAtlas_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	ExpressionAtlas_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ExpressionAtlas_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExpressionAtlas
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ExpressionAtlas
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ExpressionAtlas/
软件包下载报告	下载数据