ExCluster

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExCluster

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见ExCluster．

ExCluster可以在两种条件的RNA-seq数据中检测差异表达的外显子，每个条件至少需要两个独立的生物重复

Bioconductor版本:3.13

ExCluster将Ensembl和GENCODE GTF文件压缩为GFF文件，用于从BAM文件中统计每个非重叠外显子bin的读取。读取计数是使用包Rsubread中的featurets函数完成的。文库大小在所有生物重复中标准化，然后ExCluster比较两种不同的条件，以检测显著差异的剪接基因。这个过程要求每个条件至少有两个独立的生物副本，而ExCluster一次只接受两个条件。ExCluster最终产生每个基因的错误发现率(FDRs)，用于检测显著性。可以绘制每个显著差异剪接基因的外显子log2倍变化(log2FC)均值和方差，这有助于科学家在湿实验室中建立假设和针对差异剪接事件的RT-qPCR验证。

作者:R. Matthew Tanner, William L. Stanford, Theodore J. Perkins

维护者:R. Matthew Tanner

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ExCluster")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ExCluster”)

PDF	R脚本	ExCluster装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialSplicing，ImmunoOncology，RNASeq，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	Rsubread，GenomicRanges，rtracklayer，matrixStats，IRanges
进口	统计，方法，grDevices，图形，utils
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ExCluster_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	ExCluster_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExCluster
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ExCluster
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ExCluster/
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