EventPointer

DOI:10.18129 / B9.bioc.EventPointer

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见EventPointer．

使用结阵列和RNA-Seq数据有效识别可选剪接事件

Bioconductor版本:3.13

EventPointer是一个R包，用于识别涉及简单(病例控制实验)或复杂实验设计(如时间过程实验和包括配对样本的研究)的可选剪接事件。该算法可用于分析来自结阵列(Affymetrix阵列)或测序数据(RNA-Seq)的数据。该软件返回一个数据框架，其中包含检测到的可选剪接事件:基因名称，事件类型(盒式，可选3'，…等)，基因组位置，统计显著性和所有事件的百分比剪接增量(Delta PSI)。该算法可以生成一系列文件来可视化IGV中检测到的可选剪接事件。这简化了结果的解释和标准PCR验证引物的设计。

作者:Juan Pablo Romero [aut]， Juan A. Ferrer-Bonsoms [aut, cre]

维护者:Juan A. Ferrer-Bonsoms

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("EventPointer")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“EventPointer”)

超文本标记语言	R脚本	EventPointer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，DifferentialSplicing，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，TimeCourse，转录，mRNAMicroarray
版本	3.0.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，SGSeq，矩阵，SummarizedExperiment
进口	GenomicFeatures，stringr，GenomeInfoDb，igraph，质量，nnls，limma，matrixStats，RBGL，prodlim，图，方法，utils，统计，doParallel，foreach，affxparser，GenomicRanges，S4Vectors，IRanges，qvalue，玉米穗轴，rhdf5，BSgenome，Biostrings，glmnet，abind，迭代器，lpSolve，poibin，speedglm，tximport
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，RUnit，BiocGenerics，dplyr，kableExtra
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/jpromeror/EventPointer/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	EventPointer_3.0.0.tar.gz
Windows二进制	EventPointer_3.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	EventPointer_3.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EventPointer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EventPointer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EventPointer/
软件包下载报告	下载数据