此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见EnrichedHeatmap.
Bioconductor版本:3.13
富集热图是一种特殊类型的热图,它可以可视化地显示特定目标区域上基因组信号的富集。这里我们通过ComplexHeatmap包实现了丰富的热图。由于这种类型的热图只是一个普通的热图,但有一些特殊的设置,使用ComplexHeatmap的功能,自定义热图以及连接到热图列表以显示不同数据源之间的对应关系会容易得多。
作者:顾祖光
维护者:祖光谷
引文(从R内,输入引用(“EnrichedHeatmap”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“EnrichedHeatmap”)
超文本标记语言 | R脚本 | 1.制作丰富的热图 |
超文本标记语言 | R脚本 | 2.可视化分类信号 |
超文本标记语言 | R脚本 | 3.比较行排序方法 |
超文本标记语言 | R脚本 | 4.在路线图数据集中可视化综合关联 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 报道,GenomeAnnotation,测序,软件,可视化 |
版本 | 1.22.0 |
在Bioconductor | BioC 3.2 (R-3.2)(6年) |
许可证 | MIT +文件许可证 |
取决于 | R(>= 3.1.2),方法,网格,ComplexHeatmap(> = 2.5.1),GenomicRanges |
进口 | matrixStats统计数据,GetoptLong,Rcpp跑龙套,locfit,circlize(> = 0.4.5),IRanges |
链接 | Rcpp |
建议 | testthat(> = 0.3),knitr,减价,genefilter,RColorBrewer |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/jokergoo/EnrichedHeatmap |
全靠我 | |
进口我 | profileplyr |
建议我 | ComplexHeatmap,InteractiveComplexHeatmap |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | EnrichedHeatmap_1.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | EnrichedHeatmap_1.22.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | EnrichedHeatmap_1.22.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EnrichedHeatmap |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EnrichedHeatmap |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/EnrichedHeatmap/ |
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