EnhancedVolcano

DOI:10.18129 / B9.bioc.EnhancedVolcano

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅EnhancedVolcano。

Publication-ready火山地块与增强色彩和标签

Bioconductor版本:3.13

火山块代表一个有用的方式想象微分表达式的结果分析。在这里,我们提出一个高度可配置的功能,产生publication-ready火山地块。EnhancedVolcano将试图满足尽可能多的点在情节窗口标签,从而避免“堵塞”情节的标签,否则无法阅读。其他功能允许用户识别多达4种不同类型的属性相同的情节空间通过颜色,形状,大小和颜色参数配置。

作者:凯文Blighe (aut (cre) Sharmila Rana (aut),哈马德•本•哈利法•阿勒萨尼特克(施),本杰明Ostendorf[所有],安德里亚Grioni[所有],刘易斯·迈尔斯(aut)

维护人员:凯文Blighe <凯文在clinicalbioinformatics.co.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EnhancedVolcano”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“EnhancedVolcano”)

HTML	R脚本	Publication-ready火山地块与增强色彩和标签
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,软件,转录
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	ggplot2,ggrepel
进口	ggalt,ggrastr
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,knitr,DESeq2,pasilla,气道,org.Hs.eg.db,gridExtra,magrittr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinblighe/EnhancedVolcano
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EnhancedVolcano_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	EnhancedVolcano_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	EnhancedVolcano_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EnhancedVolcano
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EnhancedVolcano
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EnhancedVolcano/
包下载报告	下载数据