EMDomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.EMDomics

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅EMDomics。

挖土机微分分析基因组数据的距离

Bioconductor版本:3.13

EMDomics算法用于执行监督多层次分析测量的大小和统计学意义之间观察到连续的基因组学数据组。通常数据将从基于阵列基因表达值或序列实验,但其他类型的实验数据也可以分析(如拷贝数变异)。传统方法意义分析微阵列(SAM)和微阵列数据的线性模型(LIMMA)使用基于总结意义测试统计(平均值和标准偏差)的分布。这种方法缺乏能力识别组织表达差异显示高水平的内部异质性。挖土机的距离(EMD)算法计算而不是“工作”需要一个分布变换到另一个,从而提供一个度量两个分布之间的差异的整体形状。排列的样品标签用于生成q值的观察EMD分数。这个包还包含了Komolgorov-Smirnov(钴)测试和克莱默·冯·米塞斯测试(CVM),这都是常见的分布比较测试。

作者:Sadhika Malladi (aut (cre),丹尼尔Schmolze (aut (cre),安德鲁·贝克(aut) Sheida赫(aut)

维护人员:Sadhika Malladi < sadhikamalladi.com >联系和丹尼尔Schmolze < emd schmolze.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EMDomics”)

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文档

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HTML	R脚本	EMDomics装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,微阵列,软件
版本	2.22.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(6.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.2.1)
进口	emdist,BiocParallel,matrixStats,ggplot2,CDFt,preprocessCore
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EMDomics_2.22.0.tar.gz
Windows二进制	EMDomics_2.22.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	EMDomics_2.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EMDomics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EMDomics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EMDomics/
包下载报告	下载数据