DiscoRhythm

DOI:10.18129 / B9.bioc.DiscoRhythm

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DiscoRhythm。

交互式工作流发现韵律性的生物数据

Bioconductor版本:3.13

组函数估计的周期性特征,如周期、阶段,振幅和统计学意义大时态数据集。支持功能可用于质量控制、降维、光谱分析,分析实验复制。包含一个R闪亮的web界面来执行所有工作流步骤。

作者:马修·卡卢奇(aut (cre) Algimantas Kriščiūnas (aut) Haohan李(aut) Povilas Gibas (aut) Karolis Koncevičius (aut) (aut)阿特•帕乔尼丝,加布里埃尔哦(aut)

维护人员:马修·卡卢奇<马太福音。卡卢奇在camh.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DiscoRhythm”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DiscoRhythm”)

HTML	R脚本	介绍DiscoRhythm
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文本		新闻

细节

biocViews	GUI,PrincipalComponent,质量控制,软件,TimeCourse,可视化
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	matrixTests,matrixStats,MetaCycle(> = 1.2.0),data.table,ggplot2,ggExtra,dplyr,扫帚,闪亮的,shinyBS,shinycssloaders,shinydashboard,shinyjs,BiocStyle,rmarkdown,knitr,kableExtra,魔法,维恩图,UpSetR,的热图,冬青,情节,DT,gridExtra、方法、统计数据SummarizedExperiment,BiocGenerics,S4Vectors,邮政编码,reshape2
链接
建议	testthat
SystemRequirements	生成html报告pandoc (http://pandoc.org/installing.html)是必需的。
增强了
URL	https://github.com/matthewcarlucci/DiscoRhythm
BugReports	https://github.com/matthewcarlucci/DiscoRhythm/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DiscoRhythm_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	DiscoRhythm_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	DiscoRhythm_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DiscoRhythm
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DiscoRhythm
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DiscoRhythm/
包下载报告	下载数据