DiffBind

DOI:10.18129 / B9.bioc.DiffBind

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DiffBind。

微分绑定ChIP-Seq峰值数据的分析

Bioconductor版本:3.13

计算不同绑定网站从多个ChIP-seq实验使用亲和力(定量)数据。还使入住率(重叠)分析和绘图功能。

作者:罗里斯塔克(aut (cre) Gord布朗(aut)

维护人员:罗里鲜明的<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DiffBind”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	DiffBind:微分绑定ChIP-Seq峰值数据的分析
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细节

biocViews	ATACSeq,BiomedicalInformatics,CellBiology,ChIPSeq,DNaseSeq,DifferentialMethylation,DifferentialPeakCalling,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneRegulation,HistoneModification,MethylSeq,MultipleComparison,归一化,PeakDetection,RIPSeq,ReportWriting,测序,软件
版本	3.2.7
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0),GenomicRanges,SummarizedExperiment
进口	RColorBrewer,北极监测和评估方案,gplotsgrDevices,limma,GenomicAlignments,locfit,统计,跑龙套,IRanges,晶格,systemPipeR、工具、Rcpp,dplyr,ggplot2,BiocParallel平行,S4Vectors,Rsamtools(> = 2.0),DESeq2、方法、图形ggrepel,apeglm,ashr,GreyListChIP
链接	Rhtslib(> = 1.15.3),Rcpp
建议	BiocStyle,testthat,xtable
SystemRequirements	GNU使
增强了	rgl,XLConnect,刨边机,csaw,BSgenome,GenomeInfoDb,profileplyr,rtracklayer、网格
URL	https://www.cruk.cam.ac.uk/core-facilities/bioinformatics-core/software/DiffBind
取决于我	ChIPQC,火神
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DiffBind_3.2.7.tar.gz
Windows二进制	DiffBind_3.2.7.zip
macOS 10.13(高山脉)	DiffBind_3.2.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DiffBind
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DiffBind
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DiffBind/
包下载报告	下载数据