DSS

DOI:10.18129 / B9.bioc.DSS

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见DSS．

测序数据的离散度收缩

Bioconductor版本:3.13

DSS是一个对基于计数的测序数据进行差分分析的R库。它从RNA-seq检测差异表达基因(DEGs)，从亚硫酸氢盐测序(BS-seq)检测差异甲基化位点或区域(DML/DMRs)。DSS的核心是从γ -泊松分布或β -二项分布估计色散参数的一种新的色散收缩方法。

作者:郝武<郝。吴在emory.edu>，郝峰

维护人员:Hao Wu < Hao。吴在emory.edu>，郝峰

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DSS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (DSS)

超文本标记语言	R脚本	DSS用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GeneExpression，RNASeq，测序，软件
版本	2.40.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(9年)
许可证	GPL
取决于	R(>= 3.3)，方法，Biobase，BiocParallel，bsseq
进口	Utils，图形，统计，样条，DelayedArray
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	DMRcate，kissDE，metaseqR2，MethCP，methylSig
建议我	biscuiteer，methrix，NanoMethViz，适当的
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DSS_2.40.0.tar.gz
Windows二进制	DSS_2.40.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DSS_2.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DSS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DSS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DSS/
软件包下载报告	下载数据