剂量
DOI:10.18129 / B9.bioc.DOSE
此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见剂量．
疾病本体语义与丰富分析
Bioconductor版本:3.13
该包实现了Resnik, Schlicker, Jiang, Lin和Wang分别提出的五种方法，用于测量DO术语和基因产物之间的语义相似性。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析，用于发现高通量生物学数据的疾病关联。
作者:余广创[aut, cre]，王立根[ctb]， Vladislav Petyuk [ctb]， Giovanni Dall'Olio [ctb]，胡尔强[ctb]
维护人员:guangchuangyu
引文(从R内，输入引用(“剂量”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DOSE")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“剂量”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 剂量 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释，GeneSetEnrichment，MultipleComparison，通路，软件，可视化 |
| 版本 | 3.18.3 |
| 在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(10年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.5.0) |
| 进口 | AnnotationDbi，BiocParallel，DO.db，fgsea，ggplot2，GOSemSim(>= 2.0.0)，qvalue，reshape2，统计，效用 |
| 链接 | |
| 建议 | prettydoc，clusterProfiler，knitr，rmarkdown，org.Hs.eg.db，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/ |
| BugReports | https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | bioCancer，clusterProfiler，debrowser，eegc，enrichplot，GDCRNATools，网格，miRspongeR，MoonlightR，ReactomePA，RegEnrich，RNASeqR，scTensor，signatureSearch |
| 建议我 | 可乐，GOSemSim，MAGeCKFlute，rrvgo，scGPS，simplifyEnrichment |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | DOSE_3.18.3.tar.gz |
| Windows二进制 | DOSE_3.18.3.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | DOSE_3.18.3.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DOSE |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
