DEWSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEWSeq

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DEWSeq。

基于负二项分布的微分表示Windows

Bioconductor版本:3.13

DEWSeq是一种滑动窗口的方法分析不同浓缩绑定地区eCLIP或iCLIP下一代测序数据。

作者:Sudeep Sahadevan (aut),托马斯Schwarzl (aut),生物信息学小组Hentze (aut (cre)

维护人员:生物信息学团队Hentze < biohentze在embl.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DEWSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DEWSeq”)

HTML	R脚本	分析与DEWSeq eCLIP / iCLIP数据
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,FunctionalGenomics,GeneRegulation,测序,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.0.0),R.utils,DESeq2,BiocParallel
进口	BiocGenerics,data.table(> = 1.11.8),GenomeInfoDb,GenomicRanges、方法、S4Vectors,SummarizedExperiment统计,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle,IHW
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/EMBL-Hentze-group/DEWSeq/
BugReports	https://github.com/EMBL-Hentze-group/DEWSeq/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEWSeq_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	DEWSeq_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	DEWSeq_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEWSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEWSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEWSeq/
包下载报告	下载数据