DESeq2

DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq2

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见DESeq2

基于负二项分布的差异基因表达分析

Bioconductor版本:3.13

基于使用负二项分布的模型,估计来自高通量测序测定的计数数据中的方差-均值依赖性,并检验差异表达。

作者:Michael Love [aut, cre], Constantin Ahlmann-Eltze [ctb], Kwame Forbes [ctb], Simon Anders [aut, ctb], Wolfgang Huber [aut, ctb], RADIANT EU FP7 [fnd], NIH NHGRI [fnd], CZI [fnd]

维护者:Michael Love

引文(从R内,输入引用(“DESeq2”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DESeq2”)

超文本标记语言 R脚本 用DESeq2分析RNA-seq数据
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文本 新闻

细节

biocViews 贝叶斯ChIPSeq聚类DifferentialExpressionGeneExpressionImmunoOncology归一化PrincipalComponentRNASeq回归测序软件转录
版本 1.32.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(8.5年)
许可证 LGPL (>= 3)
取决于 S4Vectors(> = 0.23.18),IRangesGenomicRangesSummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口 BiocGenerics(> = 0.7.5),BiobaseBiocParallelgenefilter,方法,统计4,locfitgeneplotterggplot2Rcpp(> = 0.11.0)它
链接 RcppRcppArmadillo
建议 testthatknitrrmarkdownvsnpheatmapRColorBrewerapeglmashrtximporttximetatximportDatareadrpbapply气道pasilla(> = 0.2.10),glmGamPoiBiocManager
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/mikelove/DESeq2
全靠我 DEWSeqDEXSeqmetaseqR2rgsepdrnaseqDTUrnaseqGeneSeqGSEA移行细胞癌tRanslatomeXBSeq
进口我 Anaquin微生物anota2seqAPAlyzerBioNEROBloodCancerMultiOmics2017BRGenomicsCeTFcircRNAprofilerconsensusDEcoseqcountsimQCcrossmetaDaMiRseqdebrowserDEComplexDisease反编排DEGreportdeltaCaptureCDEsubsDiffBindEBSEAeegcERSSAexomePeak2ExpHunterSuiteFieldEffectCrcGDCRNAToolsGeneTonicGenoGAMGlimmaHTSFiltericetea理想的IHWpaper检查感兴趣isomiRskissDEmicrobiomeExplorerMLSeqmultiSight马斯喀特NBAMSeqORFik先驱者PathoStatpcaExplorerphantasus高伦雅芙recountWorkflowRegEnrichregionReportReportingToolsRiboDiPARmmquantRNASeqRscBFAscGPSSEtoolssingleCellTKSNPhoodspatialHeatmapsrnadiffsystemPipeRsystemPipeToolsTBSignatureProfilerTimeSeriesExperimentUMI4Catsvidger火神
建议我 aggregateBioVarapeglmbambubiobroomBiocGenericsBioCorBiocSet篮球选手CAGEWorkflowcompcodeRcuratedAdipoChIPcuratedAdipoRNAdearseqderfinderdiffloopdittoSeqEDASeqEnhancedVolcanoEnrichmentBrowser鱼池fluentGenomicsGenomicAlignmentsGenomicRangesglmGamPoiHiCDCPlusIHWInteractiveComplexHeatmapJctSeqDatamiRmineOPWeightPCAtoolsphyloseq后代适当的重新计票RegParallelRUVSeq食物Single.mTEC.TranscriptomessubSeqSummarizedBenchmarksystemPipeShinyTFEA。芯片tidybulkToPASeqtopconfectstximetatximportvariancePartition扳手zinbwave
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DESeq2_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 DESeq2_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) DESeq2_1.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DESeq2
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DESeq2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DESeq2/
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