CountClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.CountClust

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见CountClust．

利用隶属度模型的聚类和可视化RNA-Seq表达数据

Bioconductor版本:3.13

将隶属度等级模型(GoM，也称为混合模型)拟合到聚类RNA-seq基因表达计数数据中，识别驱动聚类隶属度的特征基因，并提供聚类隶属度的可视化摘要。

作者:Kushal Dey [aut, cre]， Joyce Hsiao [aut]， Matthew Stephens [aut]

维护者:Kushal Dey

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CountClust")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CountClust”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，StatisticalMethod，可视化
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)，ggplot2(> = 2.1.0的)
进口	SQUAREM，大满贯，maptpx，plyr(> = 1.7.1上),cowplot，gtools，flexmix，激情似火，limma平行,reshape2，统计，utils，图形，grDevices
链接
建议	knitr，kableExtra，BiocStyle，Biobase，roxygen2，RColorBrewer，devtools，xtable
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kkdey/CountClust
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CountClust_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	CountClust_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CountClust_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CountClust
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CountClust
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CountClust/
软件包下载报告	下载数据