文案
DOI:10.18129 / B9.bioc.CopywriteR
此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见文案．
使用脱靶读取从目标测序中复制编号信息
Bioconductor版本:3.13
文案利用脱靶读取从靶向测序中提取DNA拷贝数信息。它允许提取均匀分布的拷贝数信息，可以在不参考的情况下使用，并且可以应用于从各种技术获得的测序数据，包括染色质免疫沉淀和小基因板上的目标富集。因此，CopywriteR构成了一个广泛适用的替代可用的副本数检测工具。
作者:Thomas Kuilman
维护者:Oscar Krijgsman
引文(从R内，输入引用(文案))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CopywriteR")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(文案)
| R脚本 | 文案 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumberVariation，报道，ExomeSeq，ImmunoOncology，预处理，软件，TargetedResequencing，可视化 |
| 版本 | 2.24.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.1 (R-3.2)(6.5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (>= 3.2)，BiocParallel |
| 进口 | matrixStats，gtools，data.table，S4Vectors，chipseq，IRanges，Rsamtools，DNAcopy，GenomicAlignments，GenomicRanges，CopyhelpeR，GenomeInfoDb，futile.logger |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，SCLCBam，雪 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/PeeperLab/CopywriteR |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | CopywriteR_2.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | CopywriteR_2.24.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | CopywriteR_2.24.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CopywriteR |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CopywriteR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CopywriteR/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
