CiteFuse

DOI:10.18129 / B9.bioc.CiteFuse

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CiteFuse。

CiteFuse: CITE-seq数据的综合分析

Bioconductor版本:3.13

CiteFuse pacakage实现的方法和工具套件CITE-seq预处理的数据综合分析,包括双重检测、基于网络的模式集成、细胞类型集群、RNA和蛋白质差异表达分析,ADT评价中的交互分析,和交互式网络可视化的分析。

作者:林Yingxin (aut (cre),哈尼族金(aut)

维护人员:林Yingxin < Yingxin。林在sydney.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CiteFuse”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“CiteFuse”)

HTML	R脚本	CiteFuse
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,SingleCell,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	SingleCellExperiment(> = 1.8.0),SummarizedExperiment(> = 1.16.0),矩阵,mixtools,cowplot,ggplot2,gridExtra、网格dbscan,propr,uwot,Rtsne,S4Vectors(> = 0.24.0),igraph,尺度,食物(> = 1.14.6)、图形的方法,统计,跑龙套,reshape2,ggridges,randomForest,pheatmap,ggraphgrDevices,rhdf5,rlang
链接
建议	knitr,rmarkdown,DT,mclust,嘘,博览会,BiocStyle,pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/SydneyBioX/CiteFuse/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CiteFuse_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	CiteFuse_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	CiteFuse_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CiteFuse
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CiteFuse
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CiteFuse/
包下载报告	下载数据