ChromSCape

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChromSCape

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见ChromSCape．

用闪亮的应用程序分析单细胞表观基因组学数据集

Bioconductor版本:3.13

ChromSCape -单细胞染色质景观分析-是一个随时可用的用户友好的应用程序，用于分析单细胞表观基因组数据集(scChIP-seq, scATAC-seq, scCUT&Tag，…)，从对齐数据到差异分析和基因集富集分析。它具有高度交互性，使用户能够保存他们的分析，并涵盖了广泛的分析步骤:QC，预处理，过滤，批量校正，降维，可视化，聚类，差分分析和基因集分析。

作者:Pacome Prompsy [aut, cre]——席琳·瓦洛[au]

维护者:Pacome Prompsy < Pacome . Pacome。在curie.fr>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ChromSCape")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChromSCape”)

超文本标记语言	R脚本	ChromSCape
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，注释，BatchEffect，ChIPSeq，分类，聚类，DifferentialPeakCalling，表观遗传学，GeneSetEnrichment，MethylSeq，MultipleComparison，归一化，通路，预处理，PrincipalComponent，质量控制，ReportWriting，SingleCell，软件，可视化
版本	1.2.62
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	闪亮的，colourpicker，shinyjs，rtracklayer，shinyFiles，shinyhelper，shinyWidgets，shinydashboardPlus，shinycssloaders，矩阵，情节，shinydashboard，colorRamps，kableExtra，冬青，后面;，BiocParallel平行,Rsamtools，ggplot2，qualV，stringdist，fs，qs，DT，食物，嘘，ConsensusClusterPlus，Rtsne，dplyr，tidyr，GenomicRanges，IRanges，irlba，rlist，umap，宠物猫、方法、jsonlite，刨边机，统计，图形，grDevices, utils，S4Vectors，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，msigdbr，寿司，forcats，Rcpp，鸡笼，matrixTests，DelayedArray
链接	Rcpp
建议	testthat，knitr，减价，rmarkdown，BiocStyle，Signac，未来
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/vallotlab/ChromSCape
BugReports	https://github.com/vallotlab/ChromSCape/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChromSCape_1.2.62.tar.gz
Windows二进制	ChromSCape_1.2.62.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ChromSCape_1.2.62.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChromSCape
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChromSCape
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChromSCape/
软件包下载报告	下载数据