ChIPQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPQC

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPQC．

ChIPseq数据的质量度量

Bioconductor版本:3.13

ChIPseq数据的质量度量。

作者:汤姆·卡罗尔，刘伟，伊内斯·德·圣地亚哥，罗里·斯塔克

维护者:Tom Carroll ， Rory Stark < Rory。Stark在cruk.cam.ac.uk>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ChIPQC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPQC”)

PDF	R脚本	与ChIPQC一起评估ChIP-seq样品质量
PDF		ChIPQCSampleReport.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，质量控制，ReportWriting，测序，软件
版本	1.28.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(7.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.0.0)，ggplot2，DiffBind，GenomicRanges(> = 1.17.19)
进口	BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.99.17),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),chipseq(> = 1.12.0),gtools，BiocParallel、方法、reshape2，喷嘴。R1，Biobase， grDevices, stats, utils，GenomicFeatures，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene，TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChIPQC_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPQC_1.28.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ChIPQC_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPQC/
软件包下载报告	下载数据