此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见别致的.
Bioconductor版本:3.13
基于富集剖面的局部特征,使用一套全面的QC指标,包括以前提出的指标以及新指标,用于ChIP-seq数据的质量控制(QC)管道。该软件包提供了计算一组QC指标的函数,一个包含参考值的概要和机器学习模型,以对样品质量进行评分。
作者:卡门·玛丽亚·利维
维护者:Carmen Maria Livi < Carmen。Livi在external.ifom.eu>
引文(从R内,输入引用(“时髦”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ChIC")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“时髦”)
R脚本 | 别致的 | |
参考手册 |
biocViews | ChIPSeq,质量控制,软件 |
版本 | 1.12.0 |
在Bioconductor | BioC 3.7 (R-3.5)(3.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | 仕达屋优先计划, r (>= 3.6) |
进口 | ChIC.data(> = 1.11.1),caTools、方法、GenomicRanges,IRanges平行,进步,randomForest,脱字符号, grDevices,统计,utils,图形,S4Vectors,BiocGenerics,genomeIntervals,Rsamtools |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | ChIC_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13 (High Sierra) | ChIC_1.12.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIC |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIC |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIC/ |
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