CellTrails

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellTrails

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CellTrails。

重建、可视化和分析分支轨迹

Bioconductor版本:3.13

CellTrails是新创的无监督算法按时间排序,单细胞表达数据的可视化和分析。CellTrails利用几何的低维流形学习动机的概念,展示大量的美德,抵消内在的声音单细胞数据造成的辍学生,技术变化,预测变量的冗余。CellTrails使分支轨迹和重建提供了一个直观的图形表示形式表达模式同时沿着所有分支。它允许用户定义和推断出个体的表达动态和多个通路对不同的表型。

作者:丹尼尔Ellwanger (cre, aut cph]

维护人员:丹尼尔Ellwanger < dc.ellwanger.dev gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CellTrails”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“CellTrails”)

PDF	R脚本	CellTrails:重建、可视化和分析分支轨迹从单细胞表达数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataRepresentation,DifferentialExpression,DimensionReduction,GeneExpression,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件,TimeCourse
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),SingleCellExperiment
进口	BiocGenerics,Biobase,cba,dendextend,dtw,EnvStats,ggplot2,ggrepelgrDevices,igraph,maptree、方法、mgcv,reshape2,Rtsne、统计数据、样条函数SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi,命运,RUnit,嘘,食物,knitr,org.Mm.eg.db,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CellTrails_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	CellTrails_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	CellTrails_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellTrails
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellTrails
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellTrails/
包下载报告	下载数据