CSAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CSAR

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见CSAR．

用于分析ChIP-seq数据的统计工具

Bioconductor版本:3.13

用于ChIP-seq数据分析的统计工具。该软件包包括Kaufmann等人(2009)PLoS Biology: 7(4):e1000090中描述的统计方法。简单地说，考虑到测序的平均DNA片段大小，该软件计算基因组单核苷酸读-富集值。归一化后，样本和对照使用基于泊松分布的检验进行比较。通过随机排列得到控制误发现率的检验统计阈值。

作者:Jose M Muino

维护者:Jose M Muino < Jose。Muino在live.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CSAR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (CSAR)

PDF	R脚本	CSAR装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，遗传学，软件，转录
版本	1.44.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(11.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.15.0)，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges
进口	统计,跑龙套
链接
建议	ShortRead，Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CSAR_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	CSAR_1.44.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	CSAR_1.44.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CSAR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CSAR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CSAR/
软件包下载报告	下载数据