BiocOncoTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocOncoTK

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BiocOncoTK。

Bioconductor组件一般癌症基因组学

Bioconductor版本:3.13

为公司提供中央接口的各种工具分析癌症的研究。

作者:文斯凯里

维修工:VJ凯里< stvjc channing.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiocOncoTK”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“BiocOncoTK”)

HTML	R脚本	为Bioconductor BiocOncoTK——面向癌症的组件
HTML	R脚本	curatedMSIData概述
HTML	R脚本	映射TCGA肿瘤NCIT代码
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation,CpGIsland,DNAMethylation,GeneExpression,GeneticVariability,ImmunoOncology,单核苷酸多态性,软件,转录
版本	1.12.1
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.6.0)方法,跑龙套
进口	ComplexHeatmap,S4Vectors,bigrquery,闪亮的统计数据,httr,rjson,dplyr,magrittr、网格DT,GenomicRanges,IRanges,ggplot2,SummarizedExperiment,DBI,GenomicFeatures,curatedTCGAData,尺度,ggpubr,plyr,车,图,Rgraphviz
链接
建议	knitr,dbplyr,org.Hs.eg.db,MultiAssayExperiment,BiocStyle,ontoProc,ontologyPlot,pogo,GenomeInfoDb,restfulSE(> = 1.3.7),BiocFileCache,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,Biobase,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,reshape2,testthat,AnnotationDbi,FDb.InfiniumMethylation.hg19,EnsDb.Hsapiens.v75,rmarkdown,rhdf5client
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BiocOncoTK_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	BiocOncoTK_1.12.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	BiocOncoTK_1.12.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocOncoTK
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiocOncoTK
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocOncoTK/
包下载报告	下载数据