这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BiocNeighbors。
Bioconductor版本:3.13
实现了精确和近似最近邻方法检测,在一个框架内,让他们很容易切换Bioconductor包或工作流。精确搜索可以使用再邻居的k - means算法执行或与优势树。近似搜索可以使用激怒或HNSW库。支持搜索欧几里得或曼哈顿距离。通过使用BiocParallel并行实现的所有方法。功能还提供了搜索所有的邻居在一个给定的距离。
作者:亚伦Lun (cre, aut cph]
维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“BiocNeighbors”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiocNeighbors”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“BiocNeighbors”)
HTML | R脚本 | 1。检测准确最近的邻居 |
HTML | R脚本 | 2。检测近似最近的邻居 |
HTML | R脚本 | 3所示。检测邻居范围内 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 分类,聚类,软件 |
版本 | 1.10.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(3年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | |
进口 | Rcpp,S4Vectors,BiocParallel、统计数据、方法矩阵 |
链接 | Rcpp,RcppHNSW |
建议 | testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,模糊神经网络,RcppAnnoy,RcppHNSW |
SystemRequirements | c++ 11 |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | OSCA。先进,OSCA.workflows |
进口我 | 后面;,咆哮,CellMixS,cydar,CytoTree,miloR,mumosa,嘘,scDblFinder,单 |
建议我 | TrajectoryUtils,TSCAN |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | BiocNeighbors_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | BiocNeighbors_1.10.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | BiocNeighbors_1.10.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocNeighbors |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiocNeighbors |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BiocNeighbors/ |
包下载报告 | 下载数据 |