BioQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioQC

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BioQC。

检测组织异质性与基因表达谱集

Bioconductor版本:3.13

BioQC执行质量控制的高通量基因表达数据基于组织签名。它可以检测组织基因表达数据中的异质性。算法的核心是一个Wilcoxon-Mann-Whitney测试是高性能的优化。

作者:大卫•张(cre, aut) Jitao劳拉·巴迪(aut)格雷戈尔Sturm (aut),罗兰amb (aut) Iakov达维多夫(aut)

维修工:Jitao大卫张< jitao_david。张在roche.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BioQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BioQC”)

HTML	R脚本	BioQC算法:加快Wilcoxon-Mann-Whitney测试
HTML	R脚本	BioQC-benchmark:测试效率、敏感性和特异性的BioQC模拟和真实的数据
HTML	R脚本	BioQC-kidney:肾脏表达式的例子
HTML	R脚本	BioQC:检测组织基因表达数据中的异质性
HTML	R脚本	比较Wilcoxon-Mann-Whitney替代统计测试
HTML	R脚本	用BioQC genesets签署
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,质量控制,软件,StatisticalMethod
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(5.5年)
许可证	GPL(> = 3) +文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0),Biobase
进口	刨边机,Rcpp、方法、统计跑龙套
链接	Rcpp
建议	testthat,knitr,rmarkdown,晶格,latticeExtra,rbenchmark,gplots,gridExtra,org.Hs.eg.db,hgu133plus2.db,ggplot2,reshape2,plyr,ineq,covr,limma,RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL	https://accio.github.io/BioQC
BugReports	https://accio.github.io/BioQC/issues
取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BioQC_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	BioQC_1.20.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	BioQC_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BioQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BioQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BioQC/
包下载报告	下载数据