BUSpaRse

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUSpaRse

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见BUSpaRse．

kallisto | bustools R公用事业

Bioconductor版本:3.13

kallisto | bustools管道是一套快速和模块化的工具，可将fastq文件中的单细胞RNA-seq读取转换为基因计数或转录本兼容性计数(TCC)矩阵，用于下游分析。该管道的核心是条形码、UMI和集(BUS)文件格式。这个包用于以下目的:首先，这个包允许用户在R中操作BUS格式文件作为数据帧，然后将它们转换为基因计数或TCC矩阵。此外，由于R和Rcpp代码比纯c++代码更容易处理，因此鼓励用户调整这个包的源代码，以尝试BUS格式的新用途和将BUS文件转换为基因计数矩阵的不同方法。其次，该软件包可以方便地生成所需的文件，以生成用于RNA速度的剪接和未剪接转录本的基因计数矩阵。在这里，生物型可以被过滤，支架和单倍型可以被移除，过滤的转录组可以被提取并写入磁盘。第三，这个包实现了实用函数，以获取将BUS文件转换为基因计数矩阵所需的转录本和相关基因，以bustools所需的格式将转录本写入基因信息，并将bustools的输出作为稀疏矩阵读入R。

作者:Lambda Moses [aut, cre]， Lior Pachter [aut, ths]

维护:Lambda Moses

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("BUSpaRse")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BUSpaRse”)

超文本标记语言	R脚本	将BUS格式转换为稀疏矩阵
超文本标记语言	R脚本	转录本到基因
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	RNASeq，SingleCell，软件，WorkflowStep
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	AnnotationDbi，AnnotationFilter，biomaRt，BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，dplyr，ensembldb，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，ggplot2，IRanges，magrittr，矩阵、方法、plyranges，Rcpp，S4Vectors统计数据,stringr，宠物猫，tidyr跑龙套,zeallot
链接	Rcpp，RcppArmadillo，RcppProgress，黑洞
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle，TENxBUSData，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，EnsDb.Hsapiens.v86
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/BUStools/BUSpaRse
BugReports	https://github.com/BUStools/BUSpaRse/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BUSpaRse_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	BUSpaRse_1.6.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	BUSpaRse_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUSpaRse
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BUSpaRse
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BUSpaRse/
软件包下载报告	下载数据